玉溪软件著作权申请流程与全国其他地区一样，都是由中国版权保护中心负责办理，具体流程如下：
1.准备申请材料
填写申请表：登录中国版权保护中心官网，注册并登录“软件登记系统”账号，在线填写《计算机软件著作权登记申请表》，确保信息真实、准确、完整，确认后提交并打印。
准备鉴别材料：程序鉴别材料由源程序前、后各连续30页组成，整个程序不到60页的，提交整个源程序，每页不少于50行（结束页除外）。文档鉴别材料可选用户手册、操作手册等，按前、后各连续30页提交，不足60页的提交全部文档，每页不少于30行（结束页除外）。
提供身份证明文件：个人申请提交身份证复印件（正反面）；单位申请提交有效的企业法人营业执照副本复印件（加盖公章）或事业单位法人证书等有效证件复印件（加盖公章）。
准备权利归属证明文件（如有必要）：合作开发需提交合作开发合同或协议复印件（需所有合作方盖章/签字）；委托开发需提交委托开发合同或协议复印件（需委托方和受托方盖章/签字）；下达任务开发需提交项目任务书或合同复印件（需下达任务单位和开发单位盖章/签字）；继承、受让、承受需提交相应证明文件（如遗嘱、转让合同等）复印件。
2.提交申请
线上提交：在“软件登记系统”中按要求上传电子版申请材料，包括源程序、文档的电子版，身份证明文件、权利归属证明等的扫描件或照片，确认信息无误后在线提交申请，并在线缴纳登记费用。
线下提交：将打印好并签字/盖章的《计算机软件著作权登记申请表》和所有纸质申请材料按要求整理装订，通过挂号信函或特快专递邮寄到中国版权保护中心，也可直接到中国版权保护中心的登记大厅现场递交，之后按要求完成缴费。
3.受理审查：中国版权保护中心收到符合要求的申请材料并确认缴费后，会发出《受理通知书》。审查员对申请材料进行形式审查和实质审查，主要查看材料是否齐全、符合格式要求、填写是否规范等，普通程序一般需要60个工作日左右，加急办理按选择的加急周期缩短。
4.补正（如有必要）：如果审查中发现材料存在问题，版权保护中心会发出《补正通知书》，申请人需在收到通知后30个工作日内按要求提交补正材料，逾期未补正或补正仍不符合要求的，视为撤回申请。
5.核准登记与发证：审查通过后，中国版权保护中心将予以登记，颁发《计算机软件著作权登记证书》。现在普遍发放电子登记证书，可在版权保护中心官网下载打印，如需纸质证书，可在申请时选择或后期申请制作。
